Για την ανακατασκευή του κτιρίου σε μουσείο απαιτήθηκαν εκτεταμένες εργασίες, τις οποίες χρηματοδότησε ο «Οργανισμός Πολιτιστικής Πρωτεύουσας Θεσσαλονίκη 1997» με τη συνδρομή του Υπουργείου Πολιτισμού. Στο άνοιγμα του Μουσείου συνέβαλαν σημαντικοί ευεργέτες, δωρητές, οικογένειες και επιχειρήσεις, τα ονόματα των οποίων βρίσκονται στην είσοδο του Μουσείου.

Ο πρώτος επιμελητής και ακαδημαϊκός σύμβουλος του Μουσείου ήταν ο αείμνηστος Νίκος Χανάν Σταυρουλάκης (1929-2017), Έλληνας, Εβραίος στο θρήσκευμα, καλλιτέχνης, ακαδημαϊκός και συγγραφέας. Η απόφαση για την επιλογή του λήφθηκε από τον τότε Πρόεδρο της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης, Ανδρέα Σεφιχά. Ο Σταυρουλάκης  υπήρξε ένας εκ των ιδρυτών του Εβραϊκού Μουσείου Ελλάδος και Επίτιμος Διευθυντής του από το 1977 έως το 1993. Στη συνέχεια εργάστηκε για την ίδρυση του Εβραϊκού Μουσείου Θεσσαλονίκης. Το 1994 εγκαταστάθηκε στα Χανιά και άρχισε εκστρατεία για την αποκατάσταση της ιστορικής Συναγωγής Ετζ Χαγίμ. Ο ίδιος σε συνέντευξή του στο περιοδικό Θεσσαλονικέων Πόλις αναφέρει: «Στις αρχές της δεκαετίας του ’80 ο ιστορικός της Κοινότητας Αλμπέρτος Ναρ και ο Χάιντς Κούνιο, επιζών του Μπέργκεν Μπέλσεν, σχεδίασαν και έστησαν μία έκθεση για το Ολοκαύτωμα, με σκοπό να ρίξουν φως στις συνθήκες κάτω από τις οποίες οι Εβραίοι της Θεσσαλονίκης είχαν σχεδόν αφανιστεί στα χρόνια μεταξύ 1941 και 1945. […] Τα χρόνια 1990-1993, οι προσπάθειες του Αλμέρτου Ναρ και των υπαλλήλων της Κοινότητας για την απόκτηση ενός αντιγράφου της συνολικής έκθεσης Lochemei Ha-Ghetaot στέφτηκαν από επιτυχία. Η αναπαραγωγή αυτή, χρηματοδοτήθηκε πλουσιοπάροχα από το Ίδρυμα Simon Marks, στήθηκε δίπλα στην έκθεση για το Ολοκαύτωμα, σε ένα μεγάλο χώρο […]».

Το Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης διατηρεί τις εξής συλλογές στο Προπολεμικό Αρχείο του: επιτύμβιες πλάκες από το κατεστραμμένο Ισραηλιτικό Νεκροταφείο, οικοδομικά μέλη από συναγωγές που κατεδαφίστηκαν από τις γερμανικές αρχές κατοχής, θρησκευτικά αντικείμενα, παλαιά και σπάνια βιβλία στην εβραϊκή γλώσσα, προπολεμικές σπάνιες τοπικές εβραϊκές εφημερίδες, οικογενειακά κειμήλια, κετουμπότ, δημόσια και ιδιωτικά έγγραφα σχετικά με το Β’  Παγκόσμιο Πόλεμο, ιδιωτικές επιστολές, ενδυμασίες (19ου και 20ού αιώνα), χαλιά, υφάσματα, τραπεζομάντιλα, πετσέτες, αντικείμενα από στρατόπεδα συγκέντρωσης, χαρακτικά και πίνακες, λογιστικά βιβλία και βιβλιάρια καταθέσεων (ως το 1940). Επίσης, το Μουσείο διατηρεί τη μοναδική υφιστάμενη συλλογή προπολεμικών οικογενειακών και σχολικών φωτογραφιών, από ιδιωτικές συλλογές. Οι παραπάνω συλλογές έχουν σχηματιστεί αποκλειστικά με δωρεές, οι οποίες ανανεώνονται. Απόδημοι Θεσσαλονικείς Εβραίοι από ολόκληρο τον κόσμο ή επισκέπτες του μουσείου δωρίζουν αντικείμενα, οικογενειακά κειμήλια, αλληλογραφία, έγγραφα των προγόνων τους κ.λπ. με την πεποίθηση ότι αυτά αποκτούν στο Μουσείο τη σωστή θέση.

Ο εκθεσιακός χώρος του Εβραϊκού Μουσείου Θεσσαλονίκης εκτείνεται σε πολλά επίπεδα. Το ισόγειο είναι αφιερωμένο στην μακραίωνη ιστορία του αρχαίου εβραϊκού νεκροταφείου της Θεσσαλονίκης το οποίο απλωνόταν στο χώρο που σήμερα καταλαμβάνει το Πανεπιστήμιο, πριν από τον 15ο αιώνα. Η αίθουσα, επιμελημένη από τον Σταυρουλάκη,  περιλαμβάνει επιτύμβιες στήλες ρωμαϊκής περιόδου αρχαιολογικής σημασίας που χρονολογούνται από τον 3^ο-4^ο αιώνα, οι οποίες χρησιμοποιήθηκαν ως επιτύμβιες πλάκες στο νεκροταφείο από το 1534. Στο κέντρο της αίθουσας εκτίθενται ανάγλυφες επιγραφές, μαρμάρινες πλάκες και ένα σιντριβάνι από τις ιστορικές Συναγωγές της πόλης που καταστράφηκαν κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου. Η έκθεση συμπληρώνεται από σπάνιο φωτογραφικό υλικό που ανήκε στον Άγγλο στρατιωτικό Hugh Fawcett, ο οποίος υπηρέτησε στη Θεσσαλονίκη το 1915-1917 στη διάρκεια του Α’ Παγκοσμίου Πολέμου. Η αίθουσα με τις επιτύμβιες πλάκες και τα μαρμάρινα ανάγλυφα τεκμηριώνουν την μακραίωνη παρουσία των Εβραίων στη Θεσσαλονίκη και την πολιτισμική καταστροφή που συντελέστηκε κατά τη διάρκεια του Ολοκαυτώματος με την καταστροφή του ιστορικού εβραϊκού νεκροταφείου και των δεκάδων Συναγωγών της πόλης.

Αριστερά από τον κυρίως εκθεσιακό χώρο, βρίσκεται η νέα πτέρυγα του μουσείου, αφιερωμένη στον πρώην Πρόεδρο της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης, Ανδρέα Σεφιχά. Στο ισόγειό της, περιμετρικά, είναι χαραγμένα σε μαύρες μαρμάρινες πλάκες περίπου 27.500 ονόματα θυμάτων του Ολοκαυτώματος, βάσει της έρευνας του επιζήσαντα Χάινς Κούνιο και ταυτοποιημένα από το Ιστορικό Αρχείο της Ι.Κ.Θ. Στον ίδιο χώρο φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις, πραγματοποιούνται οι παρουσιάσεις βιβλίων και ποικίλες εκδηλώσεις του Μουσείου.

Το 2025, το Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης δημιούργησε μία μόνιμη έκθεση, ουσιαστικά μία αίθουσα Τέχνης που είναι αφιερωμένη στα πρόσφατα έργα του Ομότιμου Καθηγητής της Σχολής Καλών Τεχνών του Α.Π.Θ. Ξενή Σαχίνη με τίτλο: «Φυλάκια μνήμης» και «Σπαράγματα μνήμης» (επιμέλειας Δρ. Ξένιας Ελευθερίου). Εκεί ο επισκέπτης έρχεται αντιμέτωπος με τις μαζικές εκτελέσεις, τη γενοκτονία, τα θύματα και τους θύτες μέσω της καλλιτεχνικής παρέμβασης. Ο Σαχίνης μέσω των ποικίλων καλλιτεχνικών του επιλογών φέρνει στο προσκήνιο ακραίες εμπειρίες του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου, άγνωστα εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας, μία πραγματικά μοναδική καλλιτεχνική πρακτική που συμβάλλει ουσιαστικά στην επικύρωση της Ιστορίας και στη γόνιμη και δίκαιη δικαιοσύνη. Πρόκειται για μία αναστοχαστική εργασία της τραυματικής μνήμης του Ολοκαυτώματος που διαμορφώνεται σ’ ένα δημόσιο χώρο, αυτόν του Μουσείου, με στόχο την επεξεργασία του τραύματος και της επούλωσης. Στην αίθουσα του Μουσείου προβάλλεται μόνιμα και συνέντευξη του Σαχίνη που αναφέρεται σε όλα τα έργα του που σχετίζονται με το Ολοκαύτωμα. Μέρος των έργων του εκτίθενται στον πρώτο όροφο.  O Σαχίνης είναι ένας μεγάλος ευεργέτης της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης και του Εβραϊκού Μουσείου Θεσσαλονίκης, καθώς είναι ο πρώτος καλλιτέχνης που έχει φιλοτεχνήσει και μάλιστα, έχει δωρίσει δύο μνημεία του Ολοκαυτώματος στο φουαγιέ του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και ένα πλήθος ακόμη έργων που φιλοξενούνται μόνιμα στο Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης και στο Εβραϊκό Μουσείο Ελλάδος.

Οι μουσειακές δράσεις γίνονται καινοτόμες και διαδραστικές, με σκοπό να τραβήξουν το ενδιαφέρον και των νεότερων ηλικιακά επισκεπτών. Η εφαρμογή νέων τεχνολογιών δίνει νέα πνοή στις εκπαιδευτικές επισκέψεις και γι’ αυτό το λόγο το Εβραϊκό Μουσείο πλέον διαθέτει δύο νέες οθόνες αφής με γυαλιά VR στην νέα μόνιμη ψηφιακή εφαρμογή του μουσείου με τον τίτλο «Αναζητώντας τα ίχνη της εβραϊκής παρουσίας στη Θεσσαλονίκη» (επιμέλειας Δρ. Ξένιας Ελευθερίου). Πρόκειται για την εφαρμογή ψηφιακού χάρτη, στον οποίο σημειώνονται κτίρια, κατοικίες, λατρευτικοί χώροι και σημεία εβραϊκής παρουσίας στην πόλη της Θεσσαλονίκης. Με τη χρήση δύο οθονών αφής 55 ιντσών, οι επισκέπτες του Εβραϊκού Μουσείου Θεσσαλονίκης μπορούν να αναζητήσουν ένα από τα διαθέσιμα 42 σημεία στον χάρτη και επιλέγοντάς τα με ένα άγγιγμα, να έχουν πρόσβαση σε πλούσιο πληροφοριακό υλικό, σχέδια και παλιές φωτογραφίες. Το πληροφοριακό περιεχόμενο είναι διαθέσιμο στην Ελληνική και Αγγλική γλώσσα.

Ανεβαίνοντας στον άνω όροφο υπάρχουν μεγεθυμένες  καρτ ποστάλ της συλλογής του Γιάννη Μέγα που παρουσιάζουν πολυτελείς βίλες επιφανών Εβραίων της Θεσσαλονίκης από την συνοικία των «Εξοχών» ή «Πύργων» (σημερινή οδός Βασιλίσσης Όλγας).

Στην πτέρυγα Simon Marks του πρώτου ορόφου παρουσιάζεται η μόνιμη αφηγηματική έκθεση «Θεσσαλονίκη Μητρόπολη του Σεφαραδισμού», που είχε διερευνηθεί και σχεδιαστεί στο Lochemei Ha-Ghetaot του Ισραήλ. Η έκθεση περιλαμβάνει στοιχεία για την ιστορία του εβραϊσμού στη Θεσσαλονίκη από την ίδρυση της πόλης μέχρι και την επιστροφή των επιζησάντων μετά το Ολοκαύτωμα. Η έκθεση αποκτήθηκε με τη χορηγία του «Michael Marks Charitable Trust» στο Λονδίνο. Στη βόρεια πλευρά του διαδρόμου εκτίθεται η δίγλωσση έκδοση (εβραϊκά και λατινικά) του 1633 με τις περιηγήσεις του Ραβίνου Βενιαμίν της ισπανικής πόλης Τουδέλα, ο οποίος το 1165 επισκέφτηκε την Θεσσαλονίκη.

Στην αίθουσα του πρώτου ορόφου για τις Συναγωγές ο επισκέπτης πληροφορείται για τα σημαντικότερα αόρατα πολιτιστικά μνημεία της Θεσσαλονίκης περιλαμβάνονται οι συναγωγές της και οι κεϊλότ της. Ο όρος «κεϊλά» είναι αντίστοιχος προς τον όρο «ενορία». Οι «κεϊλότ» (πληθυντικός του «κεϊλά») ήταν οργανώσεις των εβραίων που κατέφυγαν στη Θεσσαλονίκη στα τέλη του 15ου και στις αρχές του 16ου αιώνα. Το κέντρο κάθε «κεϊλά» ήταν μία συναγωγή. Κάθε «κεϊλά» συσπείρωνε τους πρόσφυγες μιας ορισμένης περιοχής και «αποτελούσε μία πόλη από μόνη της». Περισσότερες από πενήντα «Κεϊλότ» και αντίστοιχες συναγωγές καταγράφτηκαν στον κεντρικό πυρήνα της Θεσσαλονίκης στα μέσα του 16ου αιώνα. Κανένα ίχνος από τις πενήντα αυτές συναγωγές δεν διασώζεται σήμερα.

Το ιστορικό αφήγημα εμπλουτίζει η λαογραφική έκθεση (επιμέλειας του Σταυρουλάκη) στην οποία εκτίθενται αντιπροσωπευτικά δείγματα των συλλογών του μουσείου. Ο πυρήνας αυτής της έκθεσης περιλαμβάνει παραδοσιακές σεφαραδίτικες και ρωμανιώτικες φορεσιές, προσωπικά αντικείμενα, είδη οικιακής χρήσης, προπολεμικές φωτογραφίες και έγγραφα, σπάνια θρησκευτικά κειμήλια και λατρευτικά αντικείμενα αναφορές στην εβραϊκή θρησκεία. Στο κέντρο της αίθουσας είναι εμβληματικό το γνήσιο Εχάλ, το σημαντικότερο σημείο της Συναγωγής, που προέρχεται από την κατεστραμμένη Συναγωγή της Καβάλας, όπως και το Παρόχετ, το σπάνιο κάλυμμα του Εχάλ που χρονολογείται από το 1877.

Οι εκθεσιακοί χώροι του πρώτου ορόφου παρέχουν στον επισκέπτη μία συνολική εικόνα της καθημερινής ζωής των Εβραίων της πόλης. Μέσα από τα σπάνια εκθέματα δίνεται μία ολοκληρωμένη αφήγηση αναφορικά με όλους τους τομείς της δραστηριότητας της Κοινότητας: το σύστημα διοίκησης της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης, οι προπολεμικές εβραϊκές συνοικίες, η τυπογραφία, οι εβραϊκές εφημερίδες, η εκπαίδευση, τα κοινοτικά και φιλανθρωπικά ιδρύματα, η βιομηχανία και το εμπόριο, οι σιωνιστικές οργανώσεις, η Φεντερασιόν, οι αθλητικοί σύλλογοι. Με λίγα λόγια, στη μουσειακή αφήγηση απεικονίζονται άγνωστες όψεις της Θεσσαλονίκης του 20^ου αιώνα.

Ένας ειδικός εκθεσιακός χώρος, επιμέλειας του Σταυρουλάκη, αναφέρεται στη γενοκτονία όπως αυτή επηρέασε την Ισραηλιτική Κοινότητα Θεσσαλονίκης στο σύνολό της. Περίπου 50.000 μέλη της ιστορικής Κοινότητας εκτοπίστηκαν στα στρατόπεδα εργασίας και εξόντωσης Άουσβιτς και Μπίρκεναου, όπου και οι περισσότεροι αφανίστηκαν αμέσως στους θαλάμους αερίων. Η εμβληματική μεταλλική πρέσα και η μήτρα του τυπογραφείου Γκατένιο που χρησιμοποιήθηκε για την κοπή των κίτρινων αστεριών του Δαυίδ που φορούσαν στα γκέτο οι Εβραίοι της Θεσσαλονίκης και η στρατοπεδική στολή από το στρατόπεδο του Άουσβιτς του Θεσσαλονικέα κρατουμένου Λεών Περαχιά, αποτυπώνουν τη δραματική ιστορία του Ολοκαυτώματος. Αυθεντικές ταυτότητες, σπάνια ιστορικά έγγραφα και αντικείμενα τεκμηριώνουν το μεγαλύτερο έγκλημα της νεότερης και σύγχρονης ιστορίας. Στην αίθουσα Ολοκαυτώματος υπάρχουν, επίσης, σημαντικά τεκμήρια για τη συμμετοχή των Ελλήνων Εβραίων στον Ελληνοϊταλικό Πόλεμο, καθώς όλα εντάσσονται στο ιστορικό πλαίσιο του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου.  

Στη νέα αίθουσα του Μουσείου, στην προέκταση του πρώτου ορόφου, συνεχίζεται η πτέρυγα Simon Marks. Σ’ αυτήν αποτυπώνονται «συγκρουσιακά» ιστορικά θέματα της Νεότερης και Σύγχρονης Ιστορίας της πόλης, όπως ο χριστιανικός προπολεμικός αντισημιτισμός με την αναφορά στο πογκρόμ του Κάμπελ το 1931 και με τα άρθρα της αντισημιτικής εφημερίδας «Μακεδονία». Ειδική αναφορά με τα ανάλογα εκθέματα γίνεται στο Μαύρο Σάββατο στην Πλατεία Ελευθερίας, στην καταναγκαστική εργασία των Θεσσαλονικέων Εβραίων και στο Ολοκαύτωμα. Περιλαμβάνονται ανέκδοτα ιστορικά τεκμήρια (έγγραφα, φωτογραφίες, μαρτυρίες), που αφορούσαν τη δεκαετία του 1930 και αναφέρονταν στις δημογραφικές και γεωγραφικές αλλαγές που επηρέασαν τον εβραϊκό πληθυσμό της Θεσσαλονίκης, στον τοπικό αντισημιτισμό, την εκλογική και πολιτική συμπεριφορά του εβραϊκού πληθυσμού, καθώς και στην επιχειρηματική και οικοδομική δραστηριότητά του. Παρουσιάζονται επίσης νέα τεκμήρια για τις εξελίξεις στη Θεσσαλονίκη κατά τη γερμανική κατοχή: την υψηλότερη θνησιμότητα που έπληξε τους Εβραίους της Θεσσαλονίκης στην περίοδο του λιμού, τον έλεγχο της Ισραηλιτικής Κοινότητας από τις γερμανικές αρχές, τον τοπικό δοσιλογισμό, την αποδόμηση του εβραϊκού νεκροταφείου καθώς και την καταναγκαστική εργασία που επιβλήθηκε στους Εβραίους της Θεσσαλονίκης και τα λύτρα για την εξαγορά της. Άλλα τεκμήρια αφορούν στο χρονικό του εκτοπισμού των εβραίων της Θεσσαλονίκης στα στρατόπεδα του θανάτου, στην οριοθέτηση των γκέτο, στο διαμετακομιστικό στρατόπεδο Μπαρόν Χιρς, στη λεηλασία των εβραϊκών περιουσιών καθώς και τη «διαγραφή» των εβραίων από τα τοπικά μητρώα. Μεταπολεμικά αναδεικνύεται το θέμα της καταλήστευσης των εβραϊκών περιουσιών κατά τη διάρκεια της γερμανικής Κατοχής που απασχολεί τα τελευταία χρόνια την ακαδημαϊκή κοινότητα και πλήθος ερευνών έχουν δημοσιευτεί σχετικά με το συγκρουσιακό αυτό γεγονός. Ο σχεδιασμός της αίθουσας βασίστηκε στην περιοδική έκθεση με τίτλο «Διαιρεμένες Μνήμες 1940-1950. Ανάμεσα στην Ιστορία και το Βίωμα», η οποία είχε αρχικά παρουσιαστεί στο Μακεδονικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης το διάστημα Δεκεμβρίου 2016 – Απριλίου 2017.

Στην αίθουσα «Άγνωστοι μουσικοί θησαυροί των Ελλήνων Εβραίων» παρουσιάζονται τα πορίσματα του ομότιτλου ερευνητικού προγράμματος που είναι κάτι πολύ περισσότερο από μια νέα συλλογή εβραϊκής μουσικής. Χρόνια έρευνας της Μαριάντζελας Χατζησταματίου, επικεφαλής του ερευνητικού προγράμματος του Εβραϊκού Μουσείου της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης, συσσώρευσαν έναν θησαυρό από λησμονημένα τραγούδια, τα οποία συγκεντρώθηκαν ένα προς ένα από διαφορετικές πηγές, διάσπαρτες σε ολόκληρη την Ελλάδα. Το κύριο χαρακτηριστικό των τραγουδιών που συγκεντρώθηκαν είναι ότι αποτελούν στοιχεία διαφορετικών εβραϊκών γλωσσικών και πολιτιστικών παραδόσεων. Ανεξάρτητα από την παλαιότητα και την προέλευσή τους, οι παραδόσεις αυτές έλαβαν το τελικό σχήμα τους μέσα στο πλαίσιο των νεοελληνικών γλωσσικών και μουσικών επιδράσεων. Έτσι, οι «Άγνωστοι μουσικοί θησαυροί των Ελλήνων Εβραίων» αποκαλύπτουν μια πολιτισμική εικόνα εγγύτερη στην ιστορική πραγματικότητα, παρά μια κατασκευασμένη απεικόνιση του παρελθόντος. Ο επισκέπτης της αίθουσας, μέσω QR, έχει την δυνατότητα να ακούσει και τραγούδια από την έκδοση «Τα τραγούδια του Ολοκαυτώματος των Ελλήνων Εβραίων» που συνιστά ένα ερευνητικό πρόγραμμα του Εβραϊκού Μουσείου Θεσσαλονίκης, υπό την αιγίδα της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης και σε συγχρηματοδότηση φορέων European Jewish Fund, Claims Conference και της έδρας εβραϊκών σπουδών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Τα τραγούδια αυτής της περιόδου είναι στην πλειοψηφία τους διασκευές δημοφιλών τραγουδιών της εποχής από το ευρωπαϊκό ρεπερτόριο, όπως για παράδειγμα η «Λιλή Μαρλέν» που έγινε «Γίνεται προσκλητήριο στη Σταύρου Βουτυρά», είτε ελληνικών τραγουδιών όπως δημοτικά τραγούδια της υπαίθρου και ρεμπέτικα. Τα τραγούδια ανήκουν σε τρεις βασικές κατηγορίες: αυτά που γράφτηκαν στο γκέτο του Βαρόνου Χιρς της Θεσσαλονίκης, αυτά που γράφτηκαν μέσα στα στρατόπεδα του Άουσβιτς και τέλος, αυτά που γράφτηκαν από επιζώντες μετά από το Ολοκαύτωμα. Αυτός είναι ο τρόπος που ένα Εβραϊκό Μουσείο μπορεί να συμβάλει στην ιστορική γνώση της μουσικής.

Ιδιαίτερη μνεία πρέπει να γίνει για την αίθουσα παιδικής ηλικίας του Εβραϊκού Μουσείου Θεσσαλονίκης. Από τα αρχειακά τεκμήρια που μελετήθηκαν κατά τη διάρκεια ερευνητικού προγράμματος του Μουσείου, διαπιστώθηκε ότι το 1943 ζούσαν 7.500 μαθητές στη Θεσσαλονίκη, ενώ το 1945 μόνον 58. Τα μοναδικά τεκμήρια που διαθέτουμε για την ύπαρξη χιλιάδων παιδιών που θανατώθηκαν στα κρεματόρια είναι φωτογραφίες, ρούχα και αντικείμενα. Μερικά από αυτά συγκεντρώθηκαν στο «παιδικό δωμάτιο», όπου τοποθετήθηκε ένας υπολογιστής, μέσω του οποίου ο επισκέπτης μπορεί να αναζητήσει πληροφορίες από την ψηφιακή εφαρμογή «Η χαρτογράφηση της παιδικής ηλικίας» (Mapping the childhood.). Αυτή αποτελεί το προϊόν ερευνητικού προγράμματος του 2021, στόχος του οποίου ήταν να συγκεντρωθούν δεδομένα για τους εβραίους μαθητές της Θεσσαλονίκης, από τα αρχεία κάθε μορφής εκπαιδευτηρίων (κοινοτικών, δημόσιων και ιδιωτικών σχολείων, του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου και του Κρατικού Ωδείου Θεσσαλονίκης). Συνολικά, συγκεντρώθηκαν στοιχεία για περίπου 3.500 μαθητές και μαθήτριες. Τα δεδομένα που συγκεντρώθηκαν, ενσωματώθηκαν στην παρούσα εφαρμογή, η οποία παρέχει στοιχεία για την ηλικία και το χρόνο φοίτησης κάθε μαθητή, για το σχολείο και τις τάξεις που φοίτησε, για τα ονόματα των γονέων του, για το επάγγελμα του πατέρα, για τη διεύθυνση κατοικίας και άλλες πληροφορίες. Οι διευθύνσεις των μαθητών αποτυπώνονται παράλληλα και σε ένα διαδραστικό χάρτη της Θεσσαλονίκης τόσο για κάθε μαθητή όσο και για κατηγορίες μαθητών, ανάλογα με το φίλτρο που επιλέγει ο χρήστης της εφαρμογής. Έτσι, είναι δυνατή η εξαγωγή συμπερασμάτων με συνδυασμό κοινωνικών και γεωγραφικών χαρακτηριστικών.

Από το 2006 ως το 2010 υλοποιήθηκε το πρόγραμμα της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης για την τεκμηρίωση της οικονομικής δραστηριότητας των Εβραίων της Θεσσαλονίκης κατά το α’ ήμισυ του 20ού αιώνα, μέσω της δημιουργίας ψηφιακής συλλογής τεκμηρίων. Το πρόγραμμα βασίστηκε στην πρόταση του Γιάννη Μέγα και του Τέλη Ναχμία να δημιουργηθεί ένα ερευνητικό εργαλείο. Η ερευνητική ομάδα που το υλοποίησε απαρτίστηκε από την Ελένη-Μαρία Τσούκα, μουσειολόγο, την Αικατερίνη Α. Ρούσσου, ιστορικό, και τον Κοσμά Σ. Τσελιγκαρίδη, ιστορικό. Πρόκειται για μία συστηματική προσπάθεια εντοπισμού και συγκέντρωσης ιστορικών τεκμηρίων, με στόχο τη διάσωση μέρους της συλλογικής ιστορικής μνήμης των Εβραίων της Θεσσαλονίκης.  Επισημάνθηκαν τεκμήρια από τον μεγαλύτερο αριθμό εβραϊκών και μικτών εταιρειών και ατομικών επιχειρήσεων που λειτούργησαν στη Θεσσαλονίκη και αφού συγκεντρώθηκε αρχειακό υλικό με βάση τα κύρια ονόματα και τα επώνυμα που αναγνωρίζονται ως εβραϊκά, δημιουργήθηκε μία πλούσια βάση δεδομένων προσβάσιμη μόνο στο χώρο του μουσείου.

Η Ισραηλιτική Κοινότητα ευχαριστεί θερμά το Γιάννη Μέγα, που με δική του πρωτοβουλία έθεσε την ιδιωτική του συλλογή στη διάθεση του Μουσείου, για τη μεγάλη συνεισφορά του στο έργο. Ευχαριστεί επίσης όλες τις δημόσιες υπηρεσίες, τους φορείς, τους συλλέκτες και τους κατόχους ιδιωτικών αρχείων για την ιδιαιτέρως πολύτιμη συνεργασία τους στον εντοπισμό και την παροχή αρχειακού υλικού. Ευχαριστεί επίσης το Βλάση Βλασίδη, το Δώρη Οικονόμου, το Μανώλη Κουνενάκη, τη Χριστίνα Αγριαντώνη, τη Μαρία-Χριστίνα Χατζηιωάννου, το Δημήτρη Κοσμίδη, το Χρήστο Καββαδά, το Σωτήρη Στέπκο, το Γιάννη Κωνσταντίνου, τον Τέλη Ναχμία, τη Ρίκα Μπενβενίστε, τη Ρένα Μόλχο, τη Σολίτα Σαλτιέλ, το Τζέκυ Μπενμαγιόρ, το Νίκο Σταυρουλάκη και όλους όσοι βοήθησαν στην πρόοδο του έργου αφιερώνοντας το χρόνο τους και βοηθώντας με ιδέες, συζητήσεις και συμβουλές.

Το Εβραϊκό Μουσείο Θεσσαλονίκης εξακολουθεί να συγκεντρώνει τεκμήρια (νομικά έγγραφα, φακέλους, επιστολόχαρτα, τιμολόγια, επιστολικά δελτάρια, διαφημιστικά έντυπα, καταστατικά, πρακτικά, μετοχές, επιταγές, ετικέτες προϊόντων, φωτογραφίες και αντικείμενα) για τις οικονομικές δραστηριότητες των Εβραίων της Θεσσαλονίκης κατά το πρώτο ήμισυ του 20ού αιώνα. Παρακαλούνται θερμά ιδιώτες και ερευνητές που έχουν τυχόν διασώσει ή γνωρίζουν την ύπαρξη τέτοιου υλικού να το θέσουν υπόψη του Μουσείου.